原位雜交組化（ISHH）與免疫組織化學（IHC）結合法是先后用ISHH和IHC在同一切片或兩個相鄰切片進行染色，這樣就可以同一細胞中顯示出某種mRNA和相應的蛋白、多肽或其它抗原，從而可更好地了解某一基因的轉錄和蛋白、多肽合成的動力學。ISHH與IHC結合法可以在相鄰切片上分別進行ISHH和IHC染色，也可先后在同一切片上進行ISHH和IHC染色。前者可使ISHH和IHC染色都獲得理想的結果，易成功，但易產生空間誤差和樣本誤差。在同一切片上進行結合法可克服這些誤差，但第一次染色總要或多或少地影響第二次染色，使第二次染色不十分理想。由于m RNA易被染色過程中污染有少量RNase的液體所降解，因而在實踐中往往首先進行原位雜交組化染色，這種次序使結合法易成功。但在操作方法中應注意減少生物活性肽或蛋白的丟失，如在雜交后沖洗中適當減低漂洗溫度。
一、同位素原位雜交組化與免疫組化PAP法的聯合程序
（1）切片入PBS沖洗5min，最好是將切片漂洗于滅菌器皿中。
（2）0.1 mol/L 甘氨酸PBs 5min。
（3）0.4%Triton X-100 PBS 15min。
（4）1 μg/ml蛋白酶K，37 ℃保溫30min。
（5）4%多聚甲醛PBS固定5min 。
（6）PBS沖洗2×3min。
（7）0.25%乙酸酐（0.1 mol/L 三乙醇胺配）10min。
（8）2×SSC沖洗10min。
（9）雜交：如是cDNA探針用前需進行變性處理，載片法時將切片在空氣中晾干，加含探針的雜交液10 μl于切片上，蓋上22×22mm的硅化蓋片或相當大小看蠟膜，3H標記探針每10μl雜交液含1×105cpm探針，32P或35S標記探針每10 μl雜交液含5×105cpm探針；如是漂浮切片，則用滅菌吸水紙將切片水份盡量吸干，然后入雜交液，探針濃度和載片法一樣。入雜交液后43 ℃保溫12～16h。
（10）4×SSc 37 ℃沖洗10～30min。
（11）2×SSC（如為RNA探針則含20 μg/ml RNase）37 ℃沖洗30min。
（12）1×SSC和0.1×SSc 37 ℃分別沖洗30min。
（13）PBS沖洗2×5min。（轉錄ISHH）
（14）0.5%H2O2PBS室溫30min。
（15）1%BSA 37 ℃，30min 。
（16）第一抗體，4 ℃孵育16～24 h。
（17）PBS沖洗4×5min。
（18）第二抗體37 ℃，1 h。
（19）PBS沖洗3×5min。
（20）兔PAp 37 ℃，1 h 。
（21）PBS沖洗3×5min。
（22）DAB顯色液5～10min（DAB顯色液：0.05%DAB + 0.03% H2O2PBS液配）。
（23）PBS沖洗3×5min。如是漂浮切片則將其貼于涂有粘附劑的載片上，晾干。
（24）切片入70%，85%，95%和2個100%酒精脫水，空氣干燥。
（25）在暗室涂布乳膠（乳膠配制：乳膠原液：0.6 mol/L醋酸胺=1：1），晾干，裝入自顯影暗盒。
（26）4 ℃曝光：3H標記探針4～8周，35S標記探針1～4周，32P標記探針7～10天。
（27）D196顯影液，20 ℃顯影5～10min。